itol进化树分析网站（解读进化树）

本篇文章给大家谈谈itol进化树分析网站，以及解读进化树对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站喔。

本文目录一览：

1、如何在ITOL网站上做一个好看的进化树图
2、基因家族分析常用的在线网址汇总
3、物种之间进化树构建
4、如何绘制漂亮的进化树?
5、使用iTOL美化进化树
6、进化树绘制和美化的工具及网站

如何在ITOL网站上做一个好看的进化树图

1、iTOL这个网站的网址在此： http：//itol.embl.de 先要在Rstudio里做好注释文件：将分类学分件和丰度表放在工作目录下(annotation.txt，otutab.txt，还有一个树文件)点击Terminal，运行下方脚本。

2、使用iTOL进行进化树美化，无需复杂R语言操作。首先，访问网站“itol.embl.de/”，完成注册后，通过“My Trees”界面上传自己的树文件。在上传进化树后，点击树文件进入操作页面。在控制列表中，用户可根据需求调整树的展示方式、标签字体、颜色、线条粗细等。

3、通过调整控制面板中的参数，用户可以对进化树进行简单编辑，包括改变图形模式、调整物种字体、控制树枝粗细、调整颜色等。注释文件编辑完成后，直接拖动至进化树绘制面板即可，例如将标签由样品名改为物种名。完成后，用户可在输出栏保存* 终的图像。

基因家族分析常用的在线网址汇总

网址：http：//web.expasy.org/compute_pi/功能：计算蛋白质序列的理论等电点（PI）和分子量（MW）。这是基因家族分析中，对蛋白质基本性质进行预测的重要工具。

工具选择：motif预测通常通过meme软件进行，可选择在线版或linux版本。http：//memesuite.org/tools/meme）或linux版本。在线版使用：上传已鉴定的蛋白序列，选择anr模式，设置motif数量为10，长度范围6100，提交后获取结果。结果呈现：seqlogo图：用来呈现motif在不同位置的保守程度。

基因家族中的Motif鉴定是生物信息学分析中的重要环节，它有助于揭示基因家族成员之间的共同特征和潜在功能。

基因家族分析（4）部分讲解motif预测和seqlogo展示的 *** 。首先，motif预测是通过meme软件完成的，可选择在线版（http：//meme-suite.org/tools/meme）或linux版本。在线预测时，上传已鉴定的蛋白序列，选择anr模式，设置motif数量为10，长度范围6-100，提交后即可获取结果。

基因集富集分析（GSEA）：分析靶基因在特定通路或功能中的富集情况。高级功能本地数据库下载数据类型：支持下载靶位点在5UTR、CDS、3UTR区域的数据（通常选择3UTR）。使用场景：对批量miRNA和靶基因进行本地预测，需编写脚本提取和筛选结果。

数据库网址：https：//phytozome-next.jgi.doe.gov/ 图片展示：Pfam（蛋白质家族数据库）简介：提供蛋白质家族相关的pfam文件下载。用途：用于构建隐马尔可夫模型（HMM）等生物信息学分析。操作示例：以PF03106（WRKY）为例，点generate得到PF03106_seed.txt的pfam文件。

物种之间进化树构建

进入Common Tree页面在搜索结果页面，找到并点击“Common Tree”链接，这将带你进入构建进化树的页面。添加物种在Common Tree页面，你可以输入想要构建的进化树中的物种名。这里，我们输入谷子、狗尾草、水稻、小麦等禾本科物种的英文学名或拉丁名。每输入一个物种名后，点击“Add”按钮将其添加到列表中。

导入序列后，选择ClustalW或MUSCLE进行多序列比较。比较结果会显示在软件界面中。完成比对后，保存序列比对结果至Data选项下的Save Session。接着，点击Data选择Phylogenetic Analysis进行系统发育分析。在主页面，点击PHYLOGENY构建发育树，可选择* 大似然法、邻接法或* 小进化法等 *** 。

用MEGA建立多个物种之间的进化树的步骤如下：创建序列比对文件：打开MEGA软件，选择ALIGN并点击Edit/Build Alignment。创建新的序列比对文件，并选择DNA或Protein作为比对类型。导入从NCBI下载的.fasta格式的序列文件。

进化树构建的之一步是进行多序列比对。这些序列可以是同源基因、基因家族的SNP、MLST、cgMLST、16S等。常用的进化树构建 *** 包括邻接法（Neighbor-Joining， NJ）、* 大似然法（Maximum Likelihood， ML）和* 大简约法（Maximum Parsimony， MP）等。

一文学会进化树构建 —— 基于MEGA软件答案：进化树的构建是生物信息学中的重要任务之一，它能够帮助我们理解物种之间的进化关系和亲缘关系。本文将详细介绍如何使用MEGA软件，基于邻接法（Neighbor-Joining， NJ）构建进化树，并以Fan， Zhenxin等人的研究为例进行说明。

如何绘制漂亮的进化树?

1、使用Ai打开SVG格式的进化树图片初始效果设置辅助线：通过视图菜单显示标尺，从标尺上拖出辅助线，根据进化树分支划分区块，为后续添加底色提供参考。通过标尺拖出辅助线划分区块绘制矩形色块：使用矩形工具绘制矩形色块，关掉描边颜色。

2、EvolView EvolView支持在线进行系统进化分析，界面简洁却功能强大。它能够标注复杂的注释信息，并支持多种文件格式导出，如pdf、svg、tiff、png。绘制好的进化树可以* 保存在网站中，并且可以共享。

3、绘制进化树时，首先在Upload页面上传原始进化树文件。数据上传后，界面自动跳转至进化树绘制面板。通过调整控制面板中的参数，用户可以对进化树进行简单编辑，包括改变图形模式、调整物种字体、控制树枝粗细、调整颜色等。注释文件编辑完成后，直接拖动至进化树绘制面板即可，例如将标签由样品名改为物种名。

4、通过多序列比对，我们可以选择同源基因/基因家族的SNP、MLST、cgMLST、16S等序列来绘制进化树。常用的构建 *** 有邻接法（Neighbor-Joining， NJ）、* 大似然法（Maximum Likelihood， ML）、* 大简约法（Maximum Parsimony， MP）等。

5、对于注释信息较多的情况，通常绘制成矩形；而对于样本量较多的情况（比如一二百个），则可以使用环形展示；如果想要更清晰地看到不同物种间的分歧，推荐辐射形展示。综上所述，系统发育树的构建与优化需要从序列选择、算法选择、基于SNP或单拷贝基因构建进化树以及进化树美化等多个方面进行综合考虑。

使用iTOL美化进化树

构建进化树的过程中，使用MAFFT软件进行序列多重比对，确保序列一致性。随后，通过TrimAl工具进行序列修剪，去除不一致的序列部分，生成用于构建树的序列文件。接下来，使用iQtree软件构建系统发育树，选择* 大似然法进行树构建，并调整bootstrap参数以获得较高的可信度。

使用trimAl修剪序列，将_mafft.fasta文件拖入input。使用iQtree构建系统发育树，将修剪后的.fas文件拖入input，选择* 大似然法，设置bootstrap参数，生成进化树文件（.contree）。进化树的美化导入进化树到iTOL 注册并登录iTOL（https：//itol.embl.de/），导入生成的.contree文件。

MEGA软件可以导出Newick格式的进化树文件。在Tree Explorer窗口中，通过【File】→【Export Curren Tree (Newick)】导出文件。打开ITOL网站（http：//itol.embl.de/），注册并登录后，选择【Upload a tree】上传Newick文件。2 编辑进化树进入编辑窗口后，左侧是进化树文件，右侧是工具栏。

进化树绘制和美化的工具及网站

美化进化树的工具： iTools：一个功能强大的在线工具，能够帮助用户美化和定制进化树的外观，包括颜色、字体和布局等。 EvolView：一个集成了多种功能的在线平台，支持用户创建、编辑和分享进化树。 tvBOT：一个基于浏览器的工具，为用户提供了一种直观的方式来绘制和调整进化树。

使用Ai打开SVG格式的进化树图片初始效果设置辅助线：通过视图菜单显示标尺，从标尺上拖出辅助线，根据进化树分支划分区块，为后续添加底色提供参考。通过标尺拖出辅助线划分区块绘制矩形色块：使用矩形工具绘制矩形色块，关掉描边颜色。

iTOL，全称为Interactive Tree Of Life，是一个在线显示和操作进化树的工具。用户可以将MEGA生成的newick格式树上传至网站，随后进行美化。该工具操作简单，易于上手。

进化树的美化是提升图表可读性和视觉效果的重要步骤。通过使用中国* 北京基因组研究所开发的进化树在线美化网站evolview，我们可以轻松地对进化树进行各种美化修饰。以下是详细的步骤和说明：访问evolview网站首先，我们需要访问evolview的官方网站：https：//evolgenius.info//evolview-v2/#login。

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